Narodowy Instytut Dziedzictwa uczestniczy w systemie monitorowania zabytków. Działania te, oparte na współpracy z Wojewódzkimi Konserwatorami Zabytków oraz zarządcami i opiekunami zabytków, obejmują: kontrole planowe i doraźne pomników historii oraz miejsc światowego dziedzictwa, a także gromadzenie i analizę informacji przesyłanych przez Wojewódzkich Konserwatorów Zabytków, dotyczących stanu zachowania i ochrony oraz zarządzania tymi obiektami.

Prowadzony jest także monitoring doraźny stanu zachowania pozostałych zabytków w Polsce, oraz ocena wartości dziedzictwa. Pracownicy NID przeprowadzają lub współuczestniczą w oględzinach zabytków w ramach sporządzania szeregu opinii i opracowań studialnych dla Wojewódzkich Konserwatorów Zabytków oraz MKDNiS. Uczestniczą także w lustracjach obiektów w trakcie kontroli prowadzonych prac konserwatorskich i remontowych.